El agente causal de la encefalitis viral transmitida por garrapatas pertenece al género Flaviviruses. El virión tiene una forma esférica, un diámetro de 40-50 nm, contiene ARN, se reproduce bien en muchos cultivos de tejidos. De los animales de laboratorio, los ratones blancos, los hámsteres, los monos y las ratas de algodón son los más sensibles al virus. Virus de la encefalitis susceptibles a las garrapatas y muchos animales domésticos.
