Las indicaciones más comunes para el trasplante de córnea son la queratopatía bullosa (pseudofáquica, distrofia endotelial de Fuchs, afáquica), el queratocono, el retrasplante de tejido, la queratitis (viral, bacteriana, fúngica, por Acanthamoeba, perforación) y las distrofias corneales estromales.
