Las indicaciones más comunes para el trasplante de córnea son la queratopatía bullosa (pseudofáquica, distrofia endotelial de Fuchs, afáquica), el queratocono, el trasplante de tejido, la queratitis (viral, bacteriana, fúngica, por Acanthamoeba, perforación) y las distrofias corneales del estroma.