La determinación del agente causal es crucial para confirmar el diagnóstico de neumocistosis. El material básico para el estudio - esputo, secreciones bronquiales, lavados obtenidos mediante el lavado del lavado bronquios o broncoalveolar, cortes de tejido de pulmón tomada por transbronquial, percutánea o biopsia abierta. Muy a menudo, debido a la condición grave del paciente, estas manipulaciones no se llevan a cabo para evitar complicaciones.