Clínicamente, el diagnóstico de shigelosis solo se puede establecer en casos de una variante colítica típica de la enfermedad. Para aclarar el diagnóstico en casos no confirmados por pruebas de laboratorio, se realiza una rectoscopia, que en todos los casos de shigelosis revela un cuadro de colitis (catarral, hemorrágica o erosivo-ulcerosa) con daño a la mucosa del colon distal, a menudo esfinteritis.
