La colitis pseudomembranosa se desarrolla con mayor frecuencia por el uso prolongado de antibióticos como ampicilina, lincomicina, clindamicina y cefalosporinas, y con menor frecuencia, penicilina, eritromicina, cloranfenicol y tetraciclina. Clostridium difficile es un bacilo anaerobio grampositivo formador de esporas, capaz de producir dos tipos de exotoxinas: la toxina A y la toxina B. Existen cuatro causas principales de colitis pseudomembranosa asociada con C. difficile.