La neutropenia aloinmune o isoinmune de los recién nacidos se produce en el feto debido a la incompatibilidad antigénica de los neutrófilos del feto y la madre. Los isoanticuerpos de la madre pertenecen a la clase IgG, penetran en la barrera placentaria y destruyen los neutrófilos del niño. Los isoanticuerpos son generalmente leucoaglutininas, reaccionan con las células del paciente y su padre, no reaccionan con las células de la madre.